Pécs a mohácsi csata (1526. aug. 29.) után került először közvetlen kapcsolatba a törökökkel, amikor Nagy Szülejmán szultán seregei megtámadták a várost. Pécs lakói nem számíthattak királyi segítségre, ezért 1543 júniusában önként behódoltak az oszmán seregeknek. Ettől kezdődik Pécs török kora, mely a törökök végső kivonulásáig tartott. Pécs az egyik legjelentősebb hódoltságkori központ és kereskedőváros lett, mely keleties hangulatával, új török épületeivel, iskoláival, kolostoraival a művészetek egyik fellegvárává is vált. A város szépségét a híres török utazó, Evlia Cselebi a 17. században Isztambulhoz hasonlította.

A város békében élt és gyarapodott a hódoltság ideje alatt. A 143 évig tartó török uralom megváltoztatta a város képét, Pécs keleti jellegű várossá vált. A török hódítók hosszú távra rendezkedtek be a területen, ennek megfelelően a környezetüket is a megszokott módon alakították. Dzsámikat építettek a lélek, fürdőket a test felüdüléséért, a főutca pedig bazárrá változott. A Széchenyi téren álló gótikus Szent Bertalan templomot, melyet a 13. század derekán építettek a város polgárai Szent Bertalan apostol tiszteletére, a törökök lebontották, majd a köveiből a legnagyobb magyarországi dzsámit építették fel, a várost 1543-ban elfoglaló Gázi Kászim pasa megbízásából. Alaprajza szabályos négyzet alakú, három kupolával fedett oszlopos előcsarnoka volt, dobon nyugvó félgömbkupola fedte. A homlokzaton szamárhátíves, a dob oldalain csúcsíves ablak állt. Minaret is csatlakozott a dzsámihoz az északi oldalon. Pécs városa a majd másfél évszázados török megszállás után 1686. október 14-én szabadult fel. A dzsámi épségben maradt a város visszafoglalásakor és a jezsuiták birtokába került. Az épületben 1868 óta kizárólag keresztény istentiszteleteket tartanak.

Az épület a legnagyobb a Magyarországon megmaradt török épületek között. Minaretjét a 18. században villámcsapás érte, majd a jezsuiták lebontották. 1702-ben, majd 1766-ban átalakították, 1939-42 között toldották hozzá északon a ma is meglévő félköríves építményt. A középső négyszögletes rész az, ami török kori, melyet kupola fed. A négyszögletű épület 23 méter magas kupoláját tartó falakat nyolcszögletűvé alakították, a dzsámi külső képét ma is a délkeleti, délnyugati és északkeleti homlokzaton egymás fölött két sorban elhelyezkedő szamárhátíves határozzák meg. Mérete hosszában és szélességében száz lépés. Belépve is a török építészeti elemek a jellemzők: a belső tér cseppkőboltozata, a boltívek vörös-fehér csíkozása, a bronzlámpák. A dzsámi imafülkéje (mihrábja) a délkeleti fal tengelyében látható Mekka felé tájolva. Ettől balra és jobbra Allah és Mohamed nevének felirata figyelhető meg. A megmaradt vakolatrészeken jól látható a török díszítés, a Korán-feliratok. Egyedülálló a dzsámi kupoláján a török félhold és a katolikus kereszt látványa. A két szimbólum egyidejű használata jelképezi, hogy a két vallás jól megfér egymás mellett. Szenteltvíztartói az egykor a templom mellett álló – azóta elpusztult – Gázi Kászim pasa fürdőjének török mosdómedencéi voltak.

A dzsámi mellett 2004-ben épült meg a Szent Bertalan harangtorony, melyen minden nap 7.00, 12.00, 17.50, 19.00 órakor harangoznak. A fém harangláb (tervezője Bachman Zoltán) alaphelyzetben öt méter magas - harangozáskor viszont  tizenhárom méter magasba emelkedik. Előtte Szent Bertalan szobra áll, Rétfalvi Sándor szobrászművész alkotása.