Harry Potter 11-ik életévéhez közeledő átlagos kisfiú. Baba korában került nagynénjéhez, nagybátyjához és unokatestvéréhez, miután a szülei meghaltak. 11 nyomorúságos éve él nem éppen szerető rokonaival. A három Dursley mostohán bánik vele. Dudley, az unokatestvére csipkedi, rugdossa, veri – minden ok nélkül. A nagynénjééktől pedig állandóan kikap, és a lépcső alatti gardróbban kell élnie, születésnapjára pedig soha semmit sem kap tőlük.

Egy nap azonban levelet kap egy titokzatos idegentől, amit Dursleyék nem engednek neki elolvasni, amivel nagy hibát követnek el, hiszen minden nap levélzápor lepi el otthonukat. Vernon bácsi ekkor úgy dönt: elmenekülnek. A legkülönbözőbb helyeken keresnek menedéket, végül egy sziklán találnak egy omladozó viskót éjszakai szállás gyanánt. Azonban a levélküldő ott is megtalálja őket. Az óriás méretű idegenről kiderül, hogy Rubeus Hagrid, a Roxfort Boszorkány- és Varázslóképző Szakiskola vadőre. Hagrid közli Harryvel, hogy varázsló és jóvoltából végre-valahára elolvashatja a zöld tintával írott levelét. Harry nem igazán ért semmit, Dursleyék ízetlen tréfájának tulajdonítja az egészet, persze csodálkozva, hiszen egyik családtagjának sincs humorérzéke. Megtudja, hogy szülei nem autóbalesetben haltak meg, ahogy Dursleyék mindig is állították, hanem az évszázad legkegyetlenebb és leggonoszabb feketemágusa, Voldemort ölte meg őket, akitől minden varázsló fél és csak Tudodkiként emlegetik. Végül Harry hisz Hagridnak, és szívesen elmegy vele másnap beszerezni az iskolai holmijait. A varázsló felszereléseket Londonban veszik meg, de a muglik, azaz a varázstalan emberek elől elrejtett helyen, az Abszol úton, ahova egy londoni kocsmán keresztül lehet eljutni. A varázslók bankjából, a Gringottsból kivesznek Harry, szülei által ráhagyott pénzéből, és megvesznek minden olyan felszerelést, amire Harrynek mágus-gólyaként szüksége lesz. A talárt, a könyveit és a varázspálcát, amiben egy olyan főnixtoll található, amelyből összesen kettő van a világon. A másik tollat Voldemort varázspálcája rejti.... A bank egyik széfjéből Hagrid rejtélyes csomagot vesz magához, amely, mint később kiderül, a Bölcsek Kövét rejti. Hagridtól szülinapi ajándék gyanánt egy fehér hóbaglyot kap, akit Hedvignek keresztel. Az óriás beszél neki Roxfortról. Elmondja, hogy négy ház van, a Griffendél, a Mardekár, a Hollóhát és a Hugrabug és szól arról, hogy a varázslók világában mindenki ismeri az ő, Harry nevét, mert mikor Voldemort megölte a szüleit, vele is végezni akart, de a halálos átok addig példátlan módon visszapattant, Voldemort eltűnt, de Harry rejtélyes módon életben maradt. Ennek az átoknak köszönhetően viseli a homlokán a villám alakú sebhelyet.

Mire Harry észbe kap, már a Roxfort Expresszen ül, amely a King’s Cross 9 és ¾-ik vágányáról indul, és ami elviszi oda, ahol, mint mágus-gólya kezdi meg tanulmányait. Harry nem kis szorongás nélkül utazik, hisz egy olyan világba csöppent, amit eddig ismeretlen volt számára. A vonaton találkozik Ron Weasleyvel, akivel azonnal barátságot köt. A két fiú találkozik Hermione Grangerrel, egy tudálékos lánnyal, akit a két fiú nem igazán zár a szívébe. Megismerkednek Draco Malfoyal is, akivel örök ellenségek lesznek. Mikor megérkeznek a kastély lábához, az elsőévesek csónakokkal mennek fel a kastély bejáratához, ahol az iskola egyik professzora, McGalagony fogadja őket. A tanárnő bevezeti őket a nagyterembe, ahol az iskola többi diákja már helyet foglalt a négy hosszú asztalnál, amivel szemben a tanári asztal helyezkedik el. Az elsősöket a Teszlek Süveg osztja be a házakba. Harry Ronnal és Hermionéval együtt a Griffendélbe kerül. Az iskolában nem könnyű az élet. Furcsa tantárgyak, furcsa tanárok, lépcsők, amik elmozdulnak a helyükről. Az ajtók sokszor vándorolnak, és nem mindegyik nyílik ki egyből. Van amelyiket csikizni kell, simogatni, szépen kérni, vagy jelszót használni. A képek is vándorolnak, sugdolóznak, eltűnnek kereteikből. Vannak titkos folyosók, a tiltott Rengeteg, és a harmadik emeleti folyosó, ahová a diákoknak tilos a belépés...

Halloween napján egy négy méteres hegyi troll szabadul az iskolára, amitől Hermionét a két fiú menti meg. Ettől kezdve elválaszthatatlan barátokká válnak. A három barát rájön, miért tilos a bejárás a harmadik emeleti folyosóra, ugyanis véletlen belépnek egy terembe, ahol egy háromfejű kutya fogadja őket, illetve értesülnek a Gringotts-beli betörésről is. Rájönnek, hogy a kutya a Bölcsek Kövét őrzi, és úgy sejtik, hogy az iskola egyik tanára, Perselus Piton akarja ellopni a követ.

Időközben az elsősök megtanulnak néhány varázslatot. Megtanulnak bájitalokat készíteni, tárgyakat változtatni át és seprűn repülni is. Harry példátlan módon már első éves korában bekerül háza kviddics csapatába és McGalagonytól kap egy Nimbusz 2000 seprűt. Az első meccsen valaki megbabonázza a seprűjét, aminek következtében az majdnem leveti őt magáról. Barátai a bájitaltan professzorra, Pitonra gyanakodnak. Hermione felgyújtja a tanár talárját, Harry pedig elkapja a cikeszt és a meccs véget ér. Hagrid nem ért velük egyet, hogy Piton átkozta meg a seprűt. A gyerekek szólnak neki arról a gyanújukról, miszerint a tanár akarja ellopni a követ, de Hagrid hallani sem akar róla. Már csak azért sem, mert nekik nem is szabadna tudni róla…

Karácsony napján Harry végre igazi ajándékokat kap, többek között egy láthatatlanná tévő köpenyt, amit egy rejtélyes idegen küld neki. A köpeny valaha az édesapjáé volt. Fel is fedezi benne az iskolát éjszaka, és egy érdekes tükörre akad egy teremben, amiről kiderül, hogy az ember szívének leghőbb vágyát mutatja, ezért látja Harry benne a családját.

Mindenki megdöbbenéssel fogadja a hírt, miszerint Piton lesz a bíró a következő meccsükön. A Griffendél ezen a meccsen is nyer, amiután Harry kihallgatja Piton és Mógus beszédét, és megtudja, hogy Piton a másik tanárt zsarolja, mert meg akarja szerezni a követ.

A három jóbarát bajba kerül, mikor Hagrid sárkányát, Norbertet küldik el Ron bátyjának, Charlie-nek. Büntetésből a Tiltott Rengetegbe kell menniük, ahol Firenze, az egyik kentaur elmondja nekik, hogy Voldemort akarja megszerezni a követ és 11 év után ismét hatalomra akar törni. A három gyerek még mindig úgy gondolja, hogy ebben Piton professzor akar segíteni a fekete mágusnak. Harry, Ron és Hermione rájön, hogy mikor akarja ellopni a követ, és elhatározzák, hogy megakadályozzák ebben. Elindulnak, hogy még Piton előtt megszerezzék a követ. Az első akadály Bolyhoska, akit elaltatnak. A második egy furcsa növény, de Hermione rájön, hogy a neve Örgöghurok, és fény hatására menekül, ezért tüzet gyújtanak. A következő terembe lépve látják, hogy a következő ajtót nyitó kulcsot kell elkapniuk. Nem hiába Harry az évszázad legfiatalabb fogója, hisz perceken belül veszik ezt az akadályt is. A negyedik teremben egy hatalmas sakktábla van. A gyerekeknek be kell állniuk egy-egy bábu helyére. Ron bámulatos játszmájának köszönhetően túljutnak, kivéve Ront, aki egy ütéstől elájul. Hermione és Harry azonban továbbmegy. Az ötödik teremben egy asztalt pillantanak meg, ami tele van fiolákkal. Hermione rájön, hogy melyiket kell meginniuk. A lány visszamegy, hogy értesítse Dumbledore-t, Harry pedig továbbindul. A következő teremben azonban Piton helyett meglepődve Mógust találja. A terem egy tükröt rejt, melyben Harry felismeri Edevis tükrét. A tanár turbánja alatt pedig maga Voldemort rejtőzik, aki gyenge, mégis hatalmas erőknek parancsol. Harry megszerzi a követ és megküzd a tanárral. A végső párviadalban végül Harry kerekedik felül, Mógus meghal, Voldemort pedig ismét száműzetésbe kényszerül. A három barát bátor teljesítményével hozzájárult, hogy ebben az évben a Griffendél nyerje el a házkupát. Harry pedig az iskolaév végén azzal a gondolattal megy haza a Privet Drive-ra, hogy a nyár végén újra várja őt az igazi otthona, a Roxfort...