A Heian-kort a Kamakura-korszak (1185-1333) követte. Minamoto Yoritomo 1192-ben meghódította a mai Aomori prefektúrát, így majdnem az egész Honshu szigetet hatalma alá véve. Japán történelmében ez volt az első egységes uralkodás.
Minamoto felvette a shogun címet, majd a fővárost Kamakurába tette át, de a névleges uralkodó a kyotoi császár volt. Az ekkori feudális rendszerben a szamurájok uralkodtak. Ez az időszak 1868-ig, a császári hatalom helyreállításáig .

Minamoto a a saját családtagjait is kivégezte, ha azok útjában álltak. Végül 1199-ben leesett egy lóról és meghalt. Feleségének családja az összes lehetséges utódot eltávolította az útból, így a hatalom a shougunok és hadurak kezében maradt.

Ebben az időszakban a buddhizmus kezdett egyre népszerűbb lenni a legtöbb társadalmi rétegben. a 12. század végén Kínából visszatérő szerzetesek új irányzatot, a zent hozták magukkal. Az egyszerűsége és szigorúsága miatt a szamuráj réteget vonzotta leginkább.

A mongolok Kubiláj kán vezetésével 1259-ben elérték Koreát, majdköveteket küldtek Japánba, akik behódolásra szólították fel őket. A válaszuk a küldöttek elutasítása volt, és a mongol flotta 1274-ben a mai Fukuoka közelében partot ért. A támadást nehezen, de visszaverték a japánok, győzelmükben egy tájfun volt segítségükre. Ez a tájfun egy úgynevezett „szupertájfun” volt, ami a Földön eddigi legnagyobb. A mongol flottát így könnyen elintézte a tájfun, de a kínai munkások nem jól készítették a hajóikat és ez is közrejátszott.

1281-ben a mongolok hatalmas, 100 000 fős sereget küldtek, hogy másodszor is megkíreljék Japán elfoglalását. Eleinte űgy tűnt, hogy a mongolok nyernek, de egy újabb tájfun tönkretette a mongol flottát. Innentől a tájfunt kamikazénak, vagyis isteni szélnek nevezik. Ezt az elnevezést később csak a második világháborús öngyilkos japán pilótákra használják.
A kormány ugyan győzött a mongolok ellen, de a katonákat nem tudta fizetni, és elvesztette a szamurájok támogatását.
Go-Daigo császár megpróbálta kihasználni a nép elégedetlenségét, és lázadást szervezett a kormány ellen.
Ezért a nyugat honshu-i Oki-szigetekre száműzték, ahol újabb kísérleten dolgozott. A második kísérlettel megdöntötte a kormányt.

<--Vissza