A Heat 1987-ben megkapta a Franchise jogot az NBA-től, és így minden akadály elhárult az elől, hogy a csapat indulhasson az NBA-ben. És 1988 nyarán az expanziós draft keretében feltöltötték a játékos keretüket, a többi csapat le nem védett játékosiból. Az 1988/89 szezonban már el is indulhatott a csapat a ligában, Miami Heat néven. Ekkor a csapatot Ron Rothstein vezetőedző irányította, és a csapat így első évadjában 15 meccset nyert, a következőben már 18-at, a harmadikban pedig 24 nyert meccsig jutottak. A következő szezonban már nem Rothstein irányította a csapatot, hanem Kevin Loughery. Aki egy fiatal csapattal dolgozhatott (Rony Seikaly, Glen Rice, Steve Smith, Grant Long, Willie Burton és Brian Shaw), a csapat egy biztató 38/44-es szezont zárt, aminek köszönhetően a csapat a klub történetében először bejutott a rájátszásba, ahol a Chicago Bullsszal szemben esélyük sem volt. Az ezt követő szezonban viszont lemaradt a csapat a rájátszásról, mivel 36/46-os mérleget produkált. Az 1993/94-es szezonban a csapat újra egy mérföldkőhöz érkezett, amikor is az alapszakaszban a csapat először ért el pozitív mérleget, ebben az évben ugyanis 42/40-es győzelmi mutatóval zárt a csapat. Ráadásul a klub történetében szintén először sikerült a csapatnak meccset nyernie a Playoffban, az Atlanta Hawks ellenében. A következő 1994/95-ös szezonban, a csapat elcserélte a Rony Seikalyt és Steve Smithet Billy Owensre és Kevin Willisre. A csapat viszont újra gyengécske produkcióval rukkolt elő, amit bizonyít a 32/50-es mérleg is. És a nyári holtszezonban távoznia kellett Lougherynek, helyette Pat Riley érkezett New Yorkból, akiért egy I/1-es dfaftjogot adott a csapat, ráadásul Glen Ricet, Matt Geigert és Khalid Reevest elcserélték a Charlotte-tal, Pete Myersre, LeRon Ellisre és Alonzo Mourningra. Az érkező játékosok kiegészültek még Tim Hardawayjal, Walt Williamssel, Tyrone Corbinnal és Tony Smithhel. A csapat ismét pozitív mérleggel zárta a szezont, és végre visszakerült a Playoffba, ahol ebben a szezonban sem termett sok babér nekik.  A klub 1996/97-es szezonja sikerült a legjobban, amikor az alapszakaszt 61/21-es mutatóval zárta a csapat, ás a Plyafoffban egészen a keleti főcsoport döntőjéig masírozott, a Heat együttesét megint csak a Chicago Bulls állította meg, ebben a szezonban olyan játékosok erősítették tovább az eddig is erősít keretet, mint Jamal Mashburn és P.J.Brown. A következő szezonban csatlakozott a csapathoz Voshon Lenard, és 55/27-es mérleget produkált a csapat, a Playoffban ezúttal a másik nagy rivális csapat a New York Knicks búcsúztatta a csapatot. Az ezt követő csonka szezonban 33/17-es mutatóval végeztek, és az első körben ismét búcsúztatta őket a Knicks. A 1999/00-es szezonban új csarnokba költözött a gárda, de a Heat már nem volt a régi, viszont még így is egy 52/30-as mérleget tudott felmutatni a csapat. Az ez utáni szezonban tovább súlyosbodtak a Miami problémái, mivel csaknem az egész szezont ki kellett hagynia Alonzo Mourningnak, súlyos vesebetegsége miatt, de a csapat így is egy 50/32-es mérleggel zárta az alapszakaszt. A 2001/02-es szezonban aztán Florida partjai „besötétedtek”, igaz Mourning felépült és visszatért, de már nem volt a régi, ráadásul a csapat másik veterán sztárja Tim Hardaway távozott. Ennek meg is lett a következménye, mert a csapat egy 36/46-os mérleggel zárt, és sok idő után nem volt Playoff résztvevő a csapat. A csapat újból kezdhette az építkezést, és ennek megfelelően draftolt és Caron Butler, és testvére Rasual Butler került a csapathoz, a csapat gyengén szerepelt, viszont észrevehető volt, hogy a Heat a jövő csapata lehet. Ezen a nyáron távozott a csapattól Alonzo Mourning, így senki nem maradt abból a csapatból, aki egykoron Konferencia Döntőt játszott. A gyenge teljesítmény „jutalma” egy első körbeli ötödik választási lehetőség lett, és a csapat egy remek játékost draftolt Dwayne Wade személyében, és sikerült megszerezni egy másik újoncot is, Udonis Haslemet, ráadásként a csapat leigazolta Lamar Odomot is. A csapat edzői székében is változás történt, miután Pat Riley lemondott, helyette pedig Stan Van Gundyt nevezték ki. Ezeknek a változtatásoknak meg is lett az eredménye, miután a csapat 42-40-es pozitív mérleggel zárta az alapszakaszt, és újra bejutott a csapat a Playoffba, ahol a második körig jutott a Heat.