2 évvel ezelőtt a Kilencfarkú Rókadémon (Kyuubi) tartotta rettegésben Konohagakure faluját. A démon olyan erős volt, hogy egyetlen farkának suhintásával hegyeket tudott eltüntetni vagy szökőárt előidézni. A szörny rengeteg embert mészárolt le, amíg a Negyedik Hokagenak, saját életét feláldozva, sikerült elzárnia őt saját újszülött fia, Uzumaki Naruto testébe.

A Negyedik Hokagét (Yondaime Hokage) hősként ünnepelték a Kyuubi, a rókadémon elzárásáért. Ő azt szerette volna, hogy Naruto is ugyanebben a megtiszteltetésben nőjön fel, mint a kilenc farkú „tárolója”. Az emberek azonban magát a démont látták a fiúban, ezért féltek tőle és kiközösítették.

A Harmadik Hokage megtiltotta a falu lakóinak, hogy beszéljenek arról, amit tudnak. Még a saját gyerekeiknek sem mondhatták el a 12 évvel ezelőtt történteket, de szüleik Naruto felé tanusított viselkedésükből az ifjabbak is elkezdtek ellenségesen viselkedni a fiúval. Naruto így barátok, család és elismerés nélkül nőtt fel. Nem erőltethette azt, hogy az emberek barátkozannak vele, így más módon igyekezett magára vonni a figyelmet. Ezt csínytevésekkel, bajkeveréssel próbálta elérni. Ez megváltozott, amikor hivatalosan is nindzsa lett. Ezt a többszörös árnyékklón technika (Multiple Shadow Clone Technique vagy Kage bunshin no jutsu) alkalmazásával érte el, amikor megmentette mesterét, Umino Irukat az áruló nindzsa Mizuki karmaiből. A kaland során két dologra ébredt rá Naruto: az egyik, hogy a kilenc farkú rókadémon benne lakozik; a másik pedig, hogy voltak akik törődtek vele (Iruka és a Harmadik Hokage). Naruto nindzsává válása indítja el az események folyamát.

A történet folyamán megismerhetjük Narutot és barátait. Nyomon követhetjük személyiségük, valamint nindzsa-képességeik fejlődését, életük alakulását amelyet egymásra tett hatásuk és múltjuk egyaránt befolyásol. Naruto két társra, és egyben barátra talál Haruno Sakura és Uchiha Sasuke személyében, akikkel egy három fős csapatot alkotnak a tapasztalt mester Hatake Kakashi vezetése alatt. Kalandjaik során megismerik a környező falvakat és azok lakosait, egyre szorosabb szálak fűzik őket egymáshoz és nem utolsó sorban új képességekre tesznek szert. Az idő múlásával Naruto egyre közelebb kerül ahhoz, hogy álma teljesülön: ő legyen a Hokage Konoha falvában.

A Naruto-ban lényeges szerepet játszik a személyiségek fejlődése, amely befolyásolja a cselekmény alakulását. Elsősorban a 7-es számú csapat tagjaira, Narutora, Sakurára és Sasukéra fekteti a hangsúlyt, de ugyanúgy megfigyelhetőek a változások Kakashi, Jiraiya, Tsunade, valamint a más csapatokban lévő, illetve más falvakban élők viselkedésében. Mellettük természetesen negatív szereplőket is megismerhetünk, úgy mint Momochi Zabuza, a kirigakure-i elveszett nindzsa és társa, Haku. Később a Chuunin vizsgák során megismerhetjük Orochimarut, aki egy az S-osztályba tartozó elveszett nindzsa Konohából. A történet folyamán feltűnik az Akatsuki nevű társaság, akiknek egyik célja a Narutoban lakó Kilencfarkú Rókadémon megszerzése.