Lincoln Burrowst Terrence Steadmannek, Amerika alelnöknője öccsének meggyilkolásával vádolják. Erős bizonyítékokat hoznak fel ellene (pl.: biztonsági kamera felvétele), és gyilkosságért halálra ítélik. Bár Lincoln hajthatatlanul állítja, hogy ártatlan, és tőrbe csalták, arra ítélik, hogy a Fox River börtönben várja meg kivégzését.
Lincoln testvére, Michael Scofield meg van róla győződve, hogy Lincoln nem követhette el a bűntényt, és szabadulási tervet készít. Michael, aki tervezőmérnökként dolgozott a Fox River börtön átépítésében, felsőteste tetoválásaiban elrejti a börtön alaprajzát. Miután lakásán minden bizonyítékot megsemmisít, bankrablást színlel, tudván, hogy elítélik, és kérésére a Fox River börtönbe küldik. Rabként rövid ideje van a különböző akadályok leküzdésére és a megfelelő kapcsolatok kiépítésére a rabok és a börtön dolgozói felé, hogy sikeresen ki tudja szabadítani a bátyját.
A 8. részben börtönmunka ürügyén be tudnak jutni a pihenőbe, ezután pedig az ásást kell véghez vinni. Bár egyszer átmenetileg más csoport kapja a börtönmunkát, a csapat nemsokára visszakapja azt.
Az első évadban két szökési kísérlet is történik, de az első kudarcba fullad, mivel a karbantartók kicserélnek egy előzőleg elmaratott csövet, amin keresztül kellett volna jutniuk. Ez még Lincoln kivégzése előtt történt. A második már a tervezett kivégzés után, mert az utolsó pillanatban leállítja a bíró a kivégzést, a Lincoln apja által benyújtott bizonyítékok miatt.
Míg Michael a börtön falain belül tesz meg mindent bátyja kiszabadításáért, gyerekkori barátjuk, az ügyvéd Veronica Donovan, kívülről próbálja felfedni az összeesküvést, mely Lincolnt börtönbe juttatta. Felfed egy sor rejtélyes balesetet, melynek eredményeképpen titkos ügynökök kezdik üldözni. Lincoln és Michael szökésének éjszakáján Veronica megtalálja a legerősebb bizonyítékot Lincoln ártatlanságáról – Terrence Steadmant élve és egészségesen. |